Chaque État à une obligation de résultat quant à la conservation des habitats et des espèces faune et flore visées par les deux directives mais reste libre des moyens pour y parvenir.

De par la diversité de ses paysages et la richesse de la faune et de la flore qu’elle abrite, la France joue un rôle important dans la construction de ce réseau européen. Avec plus de 1700 sites, le réseau national de Natura 2000 couvre 12,4% du territoire. La France a choisi la voie de la concertation et de la contractualisation pour respecter les objectifs des directives Natura 2000. La concertation des acteurs des territoires concernés par Natura 2000 se concrétise au sein d’un comité de pilotage, dans les groupes de travail et par un document d’objectifs (Docob) prévoyant sur le long terme la stratégie de gestion du milieu naturel.